Unité propre de recherche (UPR 208) fondée à Paris en 1972 par Bernhard Blumenkranz, la Nouvelle "Gallia judaica" a dès l’origine pour objectif scientifique premier de dresser une géographie historique des juifs de France, tout en privilégiant le Moyen Âge, afin de prolonger, à partir de sources écrites hébraïques, latines, françaises, manuscrites et imprimées, ainsi que des vestiges archéologiques (inscriptions, synagogues, quartiers), le travail d’Henri Gross, publié à la fin du XIXe siècle, intitulé Gallia judaica, Dictionnaire géographique de la France d’après les sources rabbiniques.
Transformée en Équipe de recherche (ERS 13) en 1977, ses objectifs se sont étendus à d’autres aspects historiques, à savoir politiques, économiques, sociaux, religieux et artistiques, ainsi qu’à d’autres périodes – l’époque moderne en particulier. Parallèlement, la NGJ œuvre à la poursuite du monumental Dictionnaire de géographie historique des juifs en France médiévale, avec d’abord la publication de la Provincia judaica, Dictionnaire de géographie historique des Juifs en Provence médiévale, parue en 2010, puis la Présence juive en Alsace et Lorraine médiévales. Dictionnaire de géographie historique, parue en 2015.
La diffusion des résultats des recherches menées au sein de l’équipe s’est aussi traditionnellement réalisée dans le cadre de publications d’actes de colloques et de séminaires organisés par la NGJ, d’abord dans la collection « Franco-Judaica » fondée par Bernhard Blumenkranz, aux éditions Privat puis aux Belles-Lettres, et désormais aux éditions du Cerf, dans la collection « Nouvelle Gallia judaica », dirigée par Gilbert Dahan puis par Danièle Iancu-Agou. Le produit des recherches est également mis en œuvre dans le cadre des travaux personnels des membres de l’équipe entrant dans les programmes de la NGJ, ainsi que par d’autres chercheurs et enseignants-chercheurs auxquels la NGJ fournit un appui scientifique, documentaire et technique.
Grâce à ses bases de données et à sa bibliothèque en croissance régulière, qui comprend notamment le « fichier Blumenkranz », désormais installée sur le Campus Condorcet, la NGJ a aussi vocation à jouer un rôle de documentation.
La localisation parisienne de l’équipe a été privilégiée par les premiers directeurs – après Bernhard Blumenkranz, Gérard Nahon puis Gilbert Dahan –, du fait des liens étroits cultivés dès l’origine avec l’École Pratique des Hautes Études. Rattachée au Centre d’études des religions du livre de Villejuif en 1995, aujourd’hui Laboratoire d’Études sur les Monothéismes (LEM-UMR 8584 du CNRS), sous tutelle principale de l’EPHE, la NGJ est accueillie, depuis janvier 2014, dans les locaux de Villejuif, après dix ans de délocalisation à Montpellier, 1 rue de la Barralerie, sous la direction de Danièle Iancu-Agou (2003-2013), avec la collaboration d’Elie Nicolas, ingénieur d’études au CNRS et retraité depuis juin 2014.
Dirigée depuis sa création par un directeur de recherches du CNRS, l’équipe est désormais sous la direction d’une universitaire, Claire Soussen, professeure en histoire du Moyen Âge à l’université du Littoral Côte d’Opale à Boulogne-Sur-Mer, spécialiste des relations entre Juifs et Chrétiens au Moyen Âge.
Equipe CNRS, la NGJ bénéficie également chaque année du soutien financier de la Fondation du Judaïsme français.
